肺炎球菌は肺炎の原因となる細菌として最も重要であり、それ以外にも慢性呼吸器感染症、中耳炎、副鼻腔炎、敗血症、髄膜炎等の原因にもなります。乳幼児の鼻咽頭に高い確率で定着する常在菌で、暇圧感染により伝播する小児の細菌感染症の主要な原因菌です。保菌者のすべてが発症するわけではなく、抵抗力の低下や、粘膜バリアの損傷等により、宿主と菌の間の均衡が崩れて菌が体内に侵入すると発症します。